Der STEB betreibt und unterhält für die Sammlung und den Transport der Paderborner Abwässer ein über 1.000 km langes Kanalnetz mit zahlreichen Sonderbauwerken.

Das Kanalnetz gliedert sich wie folgt:

  Mischwasserkanäle   rd. 7%
  Schmutzwasserkanäle   rd. 48%
  Niederschlagswasserkanäle   rd. 45%

Mischwasserkanäle, in denen Schmutz- und Niederschlagswasser durch eine gemeinsame Rohrleitung abgeleitet wird, sind in Teilen der alten Kernstadt Paderborns sowie in Teilbereichen der Stadtteile Benhausen und Wewer verlegt. Der weitaus größere Teil des Stadtgebietes wird im Trennsystem entwässert. Dabei läuft das Niederschlags- und Schmutzwasser durch getrennte Leitungen. Das Niederschlagswasser (NW) wird den drei Haupteinleitungsgewässern Pader, Alme und Lippe zugeführt. In Abhängigkeit vom Verschmutzungsgrad wird das NW vor der Einleitung gereinigt. Das Schmutzwasser (SW) aus dem Stadtgebiet wird komplett der Kläranlage in Paderborn-Sande zugeleitet und dort gereinigt.