Das Abwasser der Stadt Paderborn wird über das Kanalnetz zum Klärwerk geführt und dort in mehreren Stufen gereinigt, bevor es in die Lippe eingeleitet wird. Zunächst wird es in das acht Meter hohe Rechengebäude gehoben und dort von den Grobstoffen befreit werden. Die in die Kanalisation eingeschwemmten Sande und Fette werden im anschließenden Sand- und Fettfang abgetrennt. In den Vorklärungsbecken setzen sich ungelöste schmutzstoffe als Schlamm ab und werden von dort in die Faulbehälter gepumpt. In der biologischen Reinigungsstufe werden die im Wasser gelösten Stickstoff-, Kohlenstoff- und Phosphorverbindungen abgebaut. Die Kohlenstoffverbindungen werden dabei durch Mikroorganismen zersetzt. Spezielle Bakterienstämme bauen die Stickstoffverbindungen ab. Dabei entweicht dieser gasförmig in die Atmosphäre. Unter Fällmittelzugabe wird ein großer Teil der Phosphorverbindungen chemisch und biologisch aus dem Abwasser entfernt (Simultanfällung). Das Wasser-Schlamm-Gemisch fließt nun in die Nachklärung. Dort setzt sich der Belebtschlamm auf den Beckenboden ab und das gereinigte Abwasser fließt in die nächste Reiningungsstufe. In der Flockungsfiltration wird nach Zugabe von Fällmitteln der restliche Phosphor zusammen mit den noch im Abwasser enthaltenen Schwebstoffen herausgefiltert. Das Abwasser ist nun von den Pflanzennährstoffen Stickstoff und Phosphor, die in den Gewässern ein schädliches Algenwachstum verursachen, befreit und wird in die Lippe eingeleitet. Bei der Abwasserreinigung fällt Primärschlamm aus der Vorklärung, Überschussschlamm aus der Nachklärung und Schlammwasser aus der Flockungsfiltration an. Diese müssen vor einer Verwertung behandelt werden. Das Schlammwasser und der Überschussschlamm werden vorentwässert und anschließend gemeinsam mit dem Primärschlamm in den beiden Faulbehältern ausgefault. Hier wandeln Bakterien bei 37°C die Schlämme unter Luftabschluss in Wasser, Methangas, Kohlendioxyd und Faulschlamm um. Das entstandene Methangas wird in Blockheizkraftwerken verstromt. Der Strom und die Abwärme der Verbrennung werden im Klärwerk gebraucht. Der ausgefaulte Schlamm wird weiter entwässert. Er wird im Landbau verwendet oder einer Verbrennungsanlage zugeführt. Die bei der Schlammbehandlung anfallenden Prozesswässer werden im Filtratwasserausgleichsbehälter zwischengespeichert und in der Filtratwasserbehandlung von ihren Stickstoffverbindungen befreit. Im Abwasserlabor des Klärwerkes werden ständig Abwasser- und Schlammproben analysiert, um einen störungsfreien Betrieb sicherzustellen und die gesetzlich vorgeschriebenen Grenzwerte einzuhalten.