Studierenden bietet die Theologische Fakultät Paderborn den Magister-Studiengang in Katholischer Theologie an. Er beinhaltet verpflichtende und frei wählbare Lehrveranstaltungen, die verbunden mit Praktika ein sinnvolles und gründliches Studium ermöglichen. Auf eine insgesamt sechs-semestrige Grundlegungsphase in den theologischen Fächern sowie den übergreifenden Bereichen der Philosophie und der Psychologie folgen eine vier-semestrige Vertiefungsphase sowie der Magister-Abschluss. Auch die Erlangung des Lizentiats, des Doktorats oder die Habilitation sind an der Theologischen Fakultät Paderborn möglich.

Als wissenschaftliche Institution verfügt die Theologische Fakultät Paderborn über 15 Professuren, weitere Lehrbeauftragte und wissenschaftliche Mitarbeiter, die sowohl in Philosophie als auch in den verschiedenen Disziplinen der Katholischen Theologie forschen und lehren. Sie verantwortet wissenschaftliche Zeitschriften und organisiert öffentliche Vortragsreihen zu aktuellen gesellschaftsrelevanten Themen. Orts- und Regionalgeschichte ist schon wegen ihres Standorts von Bedeutung, nicht zuletzt weil ihr die Erzbischöflich-Akademische Bibliothek mit ihren wertvollen historischen Buchbeständen angehört. Wissenschaftliche Einrichtungen wie das international anerkannte Johann-Adam-Möhler-Institut für Ökumenik sind der Theologischen Fakultät Paderborn angegliedert. Mit den Theologischen Fakultäten der benachbarten Universitäten arbeitet sie eng zusammen, wobei sie auf ein weites Netzwerk zurückgreifen kann. Auch fächerübergreifend unterhält die Theologische Fakultät Paderborn Kooperationen mit Universitäten und wissenschaftlichen Einrichtungen im In- und Ausland.