Der Rundgang beginnt am acht Meter hohen Bilderturm mit Stadtansichten aus mehr als fünf Jahrhunderten. Bilder sind keine neutralen Abbilder der Wirklichkeit. Sie zeigen nicht nur, was ist oder war, sondern auch das, was gesehen werden soll. Die Auswahl der Paderborner Stadtansichten lädt dazu ein, sie unter diesem Gesichtspunkt neu zu betrachten.

Gebäude sind Zeugnisse der Identität ihrer Zeit. Anhand von Modellen werden ausgewählte Bauwerke der Stadt vorgestellt. Einige von ihnen existieren heute bereits nicht mehr. Zu jedem Hausmodell bieten Medienstationen einen Filmbeitrag mit historischen und aktuellen Aufnahmen sowie Interviews mit Wissenschaftler*innen.
Eine besondere Würdigung erfährt hier die alte Paderborner Synagoge von 1882, die 1938 zerstört wurde und als virtuelle Rekonstruktion der TU Darmstadt erlebbar ist. Denn auch der Bau von Synagogen war im 19. Jahrhundert ein architektonisches sowie gesellschaftliches Statement.

Im Zentrum des Stadtmuseums liegt der Sammlungsspeicher. Fünf Sammlungen eröffnen unterschiedliche Perspektiven auf die Identitätsbildung der Stadtgesellschaft. Ihre Entstehung, Zusammensetzung und Zielsetzung werden hier ebenso sichtbar wie die Motivation der Sammler*innen und ihr jeweiliger Blick auf die Stadt. Die ausgestellten Objekte bleiben dabei weitestgehend unbeschriftet. Vertiefende Informationen finden sich in farblich markierten Sammlungsbüchern innerhalb der Ausstellung.

Nicht jede Geschichte wird durch Objekte erzählt, manche leben von Erinnerungen und Erzählungen. Daher zeigt der Erinnerungsspeicher nur wenige Exponate. Stattdessen eröffnen Kurzfilme Zugänge zu prägenden Themen wie Migration, Libori, Zerstörung oder der Pader. 
Unmittelbar damit verbunden ist das Wandgemälde des Kölner Künstlers Lars Breuer. Über zwei Etagen hinweg lassen sich Begriffe entdecken und entschlüsseln, die unterschiedlichen Fachbereichen entstammen und sowohl wissenschaftlich als auch gesellschaftlich gelesen werden können. Sie alle verweisen auf Synonyme des Wortes „Quelle“ – ein vielschichtiger Begriff, der in Paderborn auch ganz konkret mit der Pader und ihrer Wasserquelle verbunden ist.

Im unteren Bereich des Stadtmuseums befindet sich der mittelalterliche Kreuzgang des Klosters Abdinghof aus dem 11. Jahrhundert. Hier lässt sich die besondere Stille und Atmosphäre dieses über 1000 Jahre alten Ortes erleben. Modelle, Kurzfilme und Fundstücke erzählen von der langen und wechselvollen Geschichte des Klosters.

Beim Rundgang durch den Kreuzgang ist im wunderschönen Klostergarten eines der umstrittensten Exponate des Stadtmuseums zu entdecken: Die Glocke, ein Werk des dänischen Künstlers Henrik Plenge Jakobsen. Es entstand 2007 im Rahmen der Ausstellung Tatort Paderborn – Irdische Macht und himmlische Mächte. Die öffentliche Diskussion, die es seinerzeit ausgelöst hat, macht es zu einem Kristallisationspunkt der Auseinandersetzung um die Identität Paderborns.